Префектура координирует деятельность находящихся в ее ведении управ районов, государственных унитарных и казенных предприятий, автономных и бюджетных учреждений, учредителем которых является город Москва.
Префектура является государственным заказчиком при размещении государственных заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных нужд города Москвы.
Префектура участвует в разработке городских целевых программ и Адресной инвестиционной программы, в установленном порядке заключает договоры и соглашения.
Вышестоящее учреждение - Правительство Москвы (Мэрия), подведомственные учреждения - управы районов.