ДПиООС уполномочен управлять особо охраняемыми природными территориями в городе Москве. Также в функции Департамента входит защита зелёных насаждений, осуществление лицензирования деятельности по заготовке, переработке и реализации лома цветных и чёрных металлов, а также организация и осуществление государственного экологического контроля в городе Москве.
Структурными подразделениями Департамента являются территориальные отделы экологического контроля в административных округах города Москвы.
