ИБГ РАН ведет исследования по следующим направлениям научной деятельности:
- регуляция работы гена и структура хроматина, функциональная геномика и биоинформатика;
- молекулярная медицина, генотерапия, стволовые клетки, клеточная терапия, биотерапия опухолей;
- структура и функционирование клетки, межклеточные взаимодействия, молекулярные основы клеточной дифференцировки, иммунитета и онкогенеза;
- генная и белковая инженерия, трансгеноз.
Указанные направления относятся к направлению «Науки о жизни» из числа приоритетных направлений развития науки, технологий и техники Российской Федерации.
Проводятся исследования по Программам фундаментальных исследований Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология», «Биологическое разнообразие», «Фундаментальные науки – медицине» и «Основы фундаментальных исследований нанотехнологий и наноматериалов»
Все лаборатории Института оснащены современным оборудованием для проведения молекулярно-генетических работ. В ИБГ РАН создан центр коллективного пользования «Биология живой клетки и биомедицинские нанотранспортеры лекарств».